Citation

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Joshi NA, Fass JN. (2011). Sickle: A sliding-window, adaptive, quality-based trimming tool for FastQ files (Version 1.33) [Software].  Available at <https://github.com/najoshi/sickle>.

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You can download sickle here.

This program is

• Phred quality score기반으로 read내의 low quality부분을 제거함
• quality가 낮거나 (quality cutoff), length가 짧은 (length cutoff) read가 제거됨
• sliding window를 이용하여 quality를 조사하며, 보통 length cutoff의 10%를 window size로 사용

Inputs

• single/paired-end fastq file(s)

Outputs

• fastq file

Options

해당 문서는 sickle version 1.33을 기준으로 작성함 반드시 줘야하는 옵션(required parameters)은 📌로 표시함

• 📌{se, pe} 입력이 single-end인지 paired-end인지
• 📌-f FILE single-end인 경우 입력 파일, paired-end인 경우 forward read 파일
• -r FILE backward read 파일, ❗️paired-end인 경우만 사용
• 📌-o STR single-end인 경우 아웃풀 파일, paired-end인 경우 forward output 파일
• -p STR backward output 파일,❗️ paired-end인 경우만 사용