Phylogeny Analysis by MEGACC

<aside> 💡 MEGACC를 이용해 Phylogeny 분석을 진행함으로써, 기존 GUI MEGA 대비 더 간편하고 빠르게 phylogeny 분석을 진행할 수 있게 합니다.

</aside>

작성일: 2020년 7월 19일

수정일: 2022년 2월 9일

작성자: @HJ Lee

방법에 앞서.

모든 내용에 토글을 이용해 예시를 첨부해두었습니다.

토글을 내려 확인해주세요.

Protocol.

MSA (by MUSCLE)

MEGACC는 MSA가 진행된 fasta file을 input으로 받습니다. 이를 위해 MSA를 진행합니다.

본 방법은 RNA server의 muscle을 이용합니다. output은 fasta 파일로 받습니다.
- input: .faa or .fasta
- output: .fasta
- muscle3.8.31_i86linux64 (server: rna)
```
/program/muscle3.8.31_i86linux64 -in example.faa -out example.fasta
```
MEGA (by MEGACC)

본 방법은 MEGACC를 이용해 MSA가 완료된 fasta file을 통해 phylogeny file(newick format)을 만들어줍니다.

<aside> 💡 MEGACC는 RNA server에도 설치되어 있지만, SSD가 있는 windows 와 mac 로컬에서 실행할 경우 더 빠르게 진행할 수 있습니다. CPU 성능보다, HDD 속도에 더 많은 영향을 받는 것으로 확인됩니다. 하지만 서버에서 돌릴 경우 로컬보다 안정적으로 돌릴 수 있습니다. 필요에 따라 맞춰 돌려주세요.

</aside>
- 소요시간 (Bootstrap - None 기준)
1300개 TssC 기준 RNA server에서 24시간 내외

2300개 TssC 기준 13inch MacBook Pro 8시간 - 10시간 내외

2300개 TssC 기준 15inch MacBook Pro 6시간 내외

2.1 설치

https://www.megasoftware.net

2.2 실행

MEGACC는 1개의 input (fasta file), 1개의 option file(MAO file), 1개의 output(newick file)로 실행됩니다.
```
megacc -a #MAO file 
-d #fasta file
-o #output_newick file
-f fasta

e.g.)
megacc 
-a /Users/whe/OneDrive/Documents/Hanyang/Project/R/Prot_infer_ML_nucleotide_T14_Bootstrap0.mao 
-d /Users/whe/OneDrive/Documents/Hanyang/Project/2006_Proteobacteria_T6SS_re/08_testDB_to_HMP/0713_over7_NR_TssC_no_Abnormal_with_NR_Bacteroidetes/0713_over7_NR_TssC_no_Abnormal_with_NR_Bacteroidetes.fasta 
-o /Users/whe/OneDrive/Documents/Hanyang/Project/2006_Proteobacteria_T6SS_re/08_testDB_to_HMP/0713_over7_NR_TssC_no_Abnormal_with_NR_Bacteroidetes/0713_over7_NR_TssC_no_Abnormal_with_NR_Bacteroidetes.nwk 
-f fasta
```
- MAO file은 MEGACC의 옵션이 지정된 파일이며, 제가 주로 사용하는 MAO 파일의 위치는 다음과 같습니다.
  
  @mine:/data/hjlee/automatic_made/ (share 접근 가능)
  
  필요한 옵션; DNA or Protein, Threads 개수, Bootstrap 개수에 따라 적절한 MAO 파일을 골라 입력해주세요.
- Fasta file은 1.에서 진행한 MSA file을 그대로 넣어주시면 됩니다.
- Output file은 newick format이 나오게 됩니다.

주의 및 안내사항.

MEGACC의 newick 파일을 만드는 과정에서 MEGACC가 임의로 서열의 이름을 변경하게 됩니다. e.g.) __ → _

방법에 앞서.

Protocol.

주의 및 안내사항.

참고자료.