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FLASH: fast length adjustment of short reads to improve genome assemblies

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• Fragment size가 read length의 2배보다 짧은 경우, overlap된 영역을 기준으로 assemble을 진행함
• 주로 16S rRNA amplicon sequencing data를 assembly 할 때 사용함
• Overlap을 기준으로 assemble 하는 과정에서 quality가 낮은 영역이 보정될 수 있으므로, trimming을 하기 전에 assemble을 먼저 진행하는 것을 권장함

Inputs

• paired-end reads

Outputs

• {prefix}.extendedFrags.fastq → 다음 단계에 사용
• {prefix}.notCombined_1.fastq
• {prefix}.notCombined_2.fastq
• {prefix}.histm
• {prefix}.histogram

Options

해당 문서는 FLASH v1.2.11를 기준으로 작성함 다음은 flash를 사용할 때 주로 조정하는 parameter들을 나열 한 것이다. 이외의 옵션들은 flash -h를 이용해 확인할 수 있음.

• -m INT 최소 overlap길이, 이 옵션보다 짧을 경우 assemble하지 않음
• -M INT 최대 overlap길이, 이 옵션보다 길 경우 assemble하지 않음